盧坦走後，李純派李承閩對薛盈珍暗中進行調查，并暗示如果拿掉薛盈珍，可以讓李承閩總領宮内事務。
李承閩早就對薛盈珍不滿，掌握了不少他的情況，既然皇帝讓他調查，他是非常積極，聯合梁守謙、王守澄等宦官一起搜集薛盈珍的罪證。
宦官内部也不是鐵闆一塊，也有利益紛争，其他宦官對薛盈珍獨享利益、作威作福，非常不滿，看到皇帝要搞他，紛紛告發并提供證據。
經過調查确認，薛盈珍利用職權，經常向其他官員索要财物，很多官員懾于他的威勢不得不給，薛盈珍還利用采買皇宮用品的機會，貪污受賄，甚至私藏宮中物品。
李純早就想搞掉薛盈珍，限制宦官權力，既然他自作孽，就别怪自己不客氣，借機下重手。
按照宮中制度，應該将薛盈珍削去一切職務，打入大牢，李純念其曾有擁立之功，将其趕出皇宮宦，沒收财物時給他留了一點養老錢，讓他回老家。
李純認為，要解決宦官問題，必須要有理有據，分化瓦解，逐步實施，這樣才能減少阻力，防止他們抱團，也不會給人留下口實。
李純覺得，宦官三巨頭全部倒台，徹底解決宦官問題的時機也成熟了，前面已經削去宦官的兵權，這次要改組内廷樞密院，讓宦官無法再幹預朝政。
李純決定把内廷樞密院改為樞密院，驅逐宦官，改由朝官負責，作為自己的秘書處。樞密院主管官員為樞密使，正三品，樞密副使兩人，正四品，下轄四個司。
第一個是秘書司，主要負責皇帝個人的一些文書，向中書省傳達皇帝的意見，這就省的宰相頻繁入宮，也斷絕了宦官幹政的機會。
第二個是廷衛司，左右神策軍以後更多的将扮演中央機動作戰部隊的角色，廷衛司專職負責皇宮和朝廷重要場所的安全，擁有八千人。
第三個是察訪司，對于一些事情進行暗中調查，避免偏聽偏信一面之詞，并在民間收集信息，掌握底層的實際情況。
第四個是宗正司，主要負責皇室和宗親人員的管理，相當于皇室大管家的角色。
每個司仿照六部的司，設郎中一名，正五品，員外郎一到兩名，正六品。
内廷樞密院臨近宣政殿，每天晚有專人值班，有重要的事可以随時進宮禀報皇帝，皇帝一些普通的事，交給樞密院辦理即可。宰相們得到了解放，不用夜間到宮中值班，可以專心處理朝中大事。
關于日常政務，由樞密院代表皇帝跟中書省對接，宦官不再參與。皇帝對外傳旨，由一名宦官和一名樞密院官員同去，由宦官傳旨，樞密院官員監旨，避免宦官利用出去傳旨的機會徇私。
樞密使一職，李純決定讓崔群擔任，此人是做秘書長的最佳人選。秘書司的郎中的人選，崔群推薦了獨孤郁，李純也知道這個人有才華，就同意了。宗正寺轉隸樞密院改為宗正司，宗正寺的原來的級别較高，李純就讓正卿梁懷瑾轉任樞密副使，少卿楚連庸擔任宗正司郎中。
關于察訪司和廷衛司的人選，李純有自己的考慮，決定自己後面親自考察選用。
至于皇宮内的機構，李純決定全部整合進内侍監，專門負責皇宮内的事務，由李承閩擔任總管，由郭貴妃推薦的梁守謙擔任副總管。設立樞密院以後，宮内很多職權都被轉移走，原來内廷樞密院的很多宦官就沒啥作用了，李純于是決定再次裁減宮内宦官、宮女的人數，力争再減兩成人。
薛盈珍被驅逐，又要裁減宦官、宮女，宮女可以嫁人，宦官們怎麼辦。以前願意走的宦官都走了，剩下的都是不想走的，很多宦官都哭喪着臉，紛紛找李承閩想辦法。
李承閩被任命為總管，權力比以前的總管縮水不少，但也是宦官的頭領，聽着其他宦官的哀求，隻能硬着頭皮去找李純。