岡山的扶桑軍正式向唐軍投降，其他地區的扶桑勢力則處于觀望狀态，暫時接受新天皇的統治。唐軍經過連續戰鬥，終于取得了對扶桑作戰的勝利，完成了占據扶桑的目标。
至此，唐軍先後擊敗契丹、渤海、新羅、扶桑等國，完成了第三階段戰事的目标，唐軍上下洋溢着勝利的喜悅。但是唐軍在扶桑取得的夾生飯式勝利，以及唐軍簡單的處置方式，為後面發生的變局，埋下了隐患。
扶桑軍投降後，平東軍決定和興中軍分開駐守，平東軍轉移到北九州，守住扶桑通向新羅和唐朝的門戶，并負責九州島的管理。興中軍留在岡山，負責本州島西部和四國島的管理，并監視軟禁的天皇。
平海軍分成兩半，一半由副将孟慶宇率領，駐紮大阪，一半由李元奕率領，駐紮奈良，監視和指導扶桑新朝廷的運轉。
李元奕駐守奈良，享受扶桑都城的貢賦，可以對扶桑新天皇指手畫腳，幹預政務，俨然就是扶桑的太上皇，過得是好不惬意。
田弘正帶領平東軍轉移到北九州後，派人乘船攜帶信函，将扶桑的戰事和處置情況送到登州。
此時，田弘正想起李純曾經給過他一個密函，說到了扶桑以後再打開，前面一直打仗沒來得及看，這時急忙打開來看，隻見上面寫着“扶桑人生性狡詐，要嚴厲打擊，如降而複叛，殺無赦！”
田弘正趕忙把這個密函的内容傳達給興中軍、平海軍，此時已處于隆冬，扶桑到處下雪，大家都龜縮起來，到處都很安靜，根本沒有叛亂的迹象，興中軍、平海軍也就沒有引起足夠的重視。
田弘正仔細分析了李純的旨意，認為扶桑還有大量殘餘勢力，複叛的可能性很大，而且唐軍還有一個弱點，就是人數少。
雖然唐軍憑借火器強大的優勢，可以以少勝多，但是占領地方，加強末端統治有點力不從心，如果發生叛亂的話，到處分兵鎮壓，也會捉襟見肘。
為了穩妥起見，田弘正派副将吳元濟到新羅，招募一批新羅軍，到時可以用新羅軍作為仆從軍，用來幫助唐軍對付扶桑人。
平東軍派人送出的報告到達到登州後，武元衡就覺得前線将領的意見和李純的意圖不合，怎麼能貿然扶持什麼傀儡政權呢？
唐軍要的是盡收其地，最後要搞直接統治，扶桑天皇也應該像渤海國王、新羅國王一樣，送到唐朝來軟禁，把這些重要人物抓到自己手裡才穩妥。
但是一想這些将領也是事急從權，畢竟是立了功，後面還有轉圜的餘地，就不便過于追究。為了穩妥起見，武元衡還是決定将此事上報朝廷，由李純決定如何處置。
自開戰以來，李純也在密切關注戰局，定期都有快馬報送前方戰事的進展情況，李純也會給前線下達重要指示，派人及時向前方運送糧草彈藥，保證戰事的順利進行。
12月份，李純收到關于扶桑戰事的處置情況，李純認真閱看了以後，能夠理解前方将領為了快速戰鬥采取的一些懷柔措施，但是第三次大戰和前兩次不同，以占地為主要目的，不适合繼續搞羁縻政策，不宜再委任當地首領搞傀儡政權，後面還是要由朝廷派去官員進行直接統治。