大理寺、刑部、禦史台也要進行重整，大理寺改為審判院，專門負責重要案件的審理判定；刑部改為司法部，專門負責社會治安和各類法律的制定；禦史台改為監察院，專門負責對公職人員的監督、調查和公訴。
吏部改為人事部，不再局限于管理官吏，對其他公職人員都要管理，對全國的官員和公職人員進行總量控制，防止财政供養人員過多、過濫。
太仆寺負責馬政主要和兵部征用戰馬有關，主要職能并入兵部，在兵部成立軍馬司，關于民間養馬和養畜的職能并入農水部。衛尉寺作為京師衛戍區實際上就是一支保衛功能的部隊，可改為衛尉軍。
李純考慮成熟以後，就和李吉甫、武元衡等朝臣商議自己的改革方案，李吉甫等人感覺這又是一個大動作，對行政機構改革的力度非常大。
朝臣們覺得，這次行政機構改革，新組建了好幾個部門，增加了很多确實需要的職能，自然也增加了官位，自然贊成。
李純即位以來，所做的很多事情剛開始大家看不懂，但是後來都逐步發揮了巨大效果，藩鎮問題解決了，國力富強了，對外戰争連續獲勝，大家對李純的眼光和能力有了客觀的認識，所以這次機構改革獲得絕大多數人的同意，一緻通過。
經過改革，名義上歸尚書省管轄的部變成了13個，分别為：禮事部、教育部、人事部、軍事部、科工部、農水部、财稅部、民政部、工商部、外事部、建設部、交通部、司法部。
審判院、監察院單獨設置，主官為為正三品的正使，兩院相當于正部級單位，直接對皇帝負責，保證辦案不受幹擾。
衛尉軍、國子監均為正四品副部級單位，衛尉軍主管京師衛戍，比較重要，直接對皇帝負責；國子監主要負責人才的培養，與教育密切相關，可由教育部代管。
原來隸屬于太常寺的欽天監，相當于一個正五品的司級單位，主管天文、曆法事務，也涉及到氣象、地震等事務，可以劃歸新的禮事部管理。
中書省不直接管轄各部門，但實際上為朝廷政務的核心機構，左右丞帶三個光祿大夫，負責朝廷日常事務的處理，向皇帝提出建議，并按照皇帝的意見下達各類政令。把翰林院作為中書省的輔助辦公機構，設為正四品副部級單位，相當于中書省的辦公廳。
門下省作為對中書省監督單位，對于其政令進行審查，對于其不合适的部分提出意見，對于朝廷的施政方針也可以單獨提出意見，相當于朝廷顧問的角色。
樞密院作為皇帝的私人辦公機構，為正三品正部級單位，設置秘書司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察訪司（調查私訪）、廷衛司（禦林軍）、太府司（皇家後勤），樞密院專門處理與皇帝、宗室密切相關的事務，避免與朝廷事務攪在一起。
内侍監單純作為皇宮内部的管理機構，為正四品副部級單位，隻負責宮廷内的各項事務，宮外的事務一律不得幹預，杜絕宦官幹政的機會。
經過這次改革，行政機構有增有減，原來一些務虛清閑的部門基本都被撤并掉了，新增了很多國家建設需要的部門，雖然總的部門數量有所增加，但是都是國家發展需要的部門，改革後各部門的職能更加清晰，不會再互相幹擾内耗。