章氏講學的目的，不僅是為了弘揚國學，更是為了民族複興。
章太炎革命熱情高漲，生活卻是極其困頓。流亡日本期間，吃的常是鹽笃飯，甚至有時連飯都吃不上。（鹽笃飯，即飯桌上無菜，隻放一小盆鹽，用筷子蘸着鹽下飯。）
随着時間的沉澱，章太炎在學界和思想界的影響越來越大。
在此期間，發生了兩件令章太炎與孫中山、黃興交惡的事件。
其一，清政府派遣唐紹儀出使日本，要求日本政府查封《民報》，驅逐孫中山。孫中山擅自答應了日本條件，并拿了日本方面的補償金17000元。
但是，孫中山隻給《民報》留了很少一部分錢，其餘大部分被他帶去了南洋，這引發了同盟會的不滿。再加上孫中山不斷的桃色新聞，章太炎、陶成章等人斥其揮霍革命經費，同盟會分裂。章太炎重組光複會。
其二，孫中山通過日本黑龍會宮崎寅藏購買了一批幾近報廢的槍械，章太炎向香港方面聲明不要購買，由此導緻雙方相互怨恨。
辛亥革命後，章太炎回到上海，主編《大共和日報》，并任孫中山總統府樞密顧問。
但是，從下船開始，章太炎便質疑孫中山上海臨時政府的合法性，并且在上海國民自治會發表演說，認為“宜先認武昌為中央政府”。
而當黃興就擴大同盟會問題相詢時，章太炎在《誅政黨》中提出了“革命軍興，革命黨消”的口号，公然主張取締同盟會，與孫中山成見加深。
後來，他自己組建了共和黨，和張謇等一幫立憲黨人聯手摻和政治。
就在孫中山等人與袁世凱因定都一事産生分歧時，章太炎公開發表《駁黃興主張南都電》，贊成定都北京的主張，等于在政治上為袁世凱擡了一把轎子。
而後，章太炎又撰寫了《緻袁世凱論治術書》，針對民國初年軍政勢力三足鼎立的現狀——北京袁世凱的北洋集團、南京的黃興革命軍和副總統黎元洪坐鎮的武漢革命黨，向袁世凱獻策。
章太炎的政治言論使竊國之初、人心未穩的袁世凱喜出望外，雖然他的策略沒有被袁世凱全盤采納，但回信卻稱之“至理名言，親切有味”。此外，袁世凱更是大方地送出一頂“東三省籌邊使”的政治高帽，意欲收買章太炎。
以章太炎的智慧，原本應能看穿袁世凱的真實意圖，無奈袁世凱糊弄世人的本領太高，而章太炎自身政治情結過于濃厚，遮蔽了他的政治智慧。
章太炎信以為真地接受了，躊躇滿志地到任東北後，卻發現尾大不掉，手下的人一個個都目中無人，不僅吃了多頓閉門羹，還被委婉地遣送回來。
此時的章太炎仍舊執迷不悟，以為袁世凱待己不薄，始終看不穿他“虛邀彼心”的手段，隻歎地方強梁，不服中央調度。
離開東北，章太炎無枝可栖，隻得折回革命陣營，接受孫中山之托，前往湖北會見黎元洪，以圖聯合之舉。
一到湖北，章太炎便受到黎元洪場面鋪張的盛大歡迎，這讓剛剛在東北喝西北風的章太炎大為感動。這天壤之别的待遇，使得章太炎對黎元洪格外垂青，逢人便說：“民國總統一席，非公莫屬！”以緻舉國上下無人不知。
不久，這話傳到了袁世凱的黨羽王揖唐的耳中，便向袁世凱獻計：“章瘋子的言論和他手中的那支筆還是有号召力的，不能不加以籠絡。”
袁世凱心領神會，馬上賞給章太炎一個二等勳章，并禮聘他來北京任事。