但是一年以後，體弱的鄒容瘐死獄中。
章太炎悲恸萬分，特地在宅壁高處懸挂一幅鄒容遺像，下面擺上橫闆，上設香爐，每逢初一、十五沐手敬香。
這一年，《訄書》重印本托友人在日本出版。其全新的内容和觀點讓人耳目一新，問世不久便因脫銷而再版。
這本書标志着章太炎經學史學化的古文經學思想的确立。至此，章太炎思想終于擺脫了康有為的影響，舉起了經學史學化的大旗。
1906年6月，章太炎出獄後，孫中山派人迎接其去往日本。
到日本後，眼見日本人對中國人如此鄙夷，很是憤慨，但是因密謀革命，不能不盡力忍耐。但是一有機會，他就變着法子出口惡氣。
一天，日本警察調查戶口，讓他填表。章太炎大筆一揮：
職業：聖人
出身：私生子（諷刺私生子以日本為最多）
年齡：萬壽無疆
日警看後，怒從中來，卻又奈何不得。
由于面對刑獄堅貞不屈的表現，章太炎在士林中之聲望日隆，衆人對其敬仰備至，大有“平生不識章太炎，訪盡名流亦枉然”的架勢。
7月15日，在東京的留學生歡迎會上，章太炎發表演講。兩千多人慕名而來，一時間會場内外人頭攢動，甚至有人爬上屋檐，以一睹這位傳奇人物的風采。
章太炎認為，當前最緊要的，“太炎也談了自己的看法：
“大凡非常可怪的議論，不是神經病人，斷不能想，就能想也不敢說，說了以後，遇着艱難困苦的時候，不是神經病人，斷不能百折不回，孤行己意。所以古來有大學問，成大事業的，必得有神經病才能做到。……為這緣故，兄弟承認自己有神經病；也願諸位同志，人人個個，都有一兩分的神經病。”
最後，章太炎大聲疾呼：“我要把我的神經病質，傳染諸君，傳染與四萬萬人！”
可見，對于“章瘋子”這個外号，章太炎非但沒有絲毫不滿，反而處處顯得自鳴得意。一個“有學問的革命家”形象也由此呈現。難怪他的好友宋恕曾半開玩笑地說：“像章君這樣手無縛雞之力的儒生，竟欲颠覆滿洲三百年的帝國基業，為啥會如此的不自量力呢？莫非是明末遺老們的魂魄附體了不成？”
不久，章太炎加入中國同盟會，擔任《民報》社長，繼續鼓吹革命，與梁啟超所在的鼓吹立憲、反對暴力革命的《新民叢報》大打筆仗。
這場筆仗，顯現了袁世凱一生最敬畏的兩大筆杆子：“這兩支筆，筆力千鈞，抵得上幾個師的軍隊！”
這一階段，《民報》名氣陡增，孫中山的“三民主義”亦得以遠播海内外。
章太炎與《民報》相互成全。至《民報》終刊，他親手主編十六期，發表文章八十三篇。可以說，《民報》所到之處，也就是章太炎的文章和思想影響所及之處。
比起《時務報》時期的章太炎，這一時期的他，政論文更加老辣穩重，條分縷析，筆鋒披靡，正如魯迅所說：“我愛看這《民報》，但并非為了先生的文筆古奧，索解為難……是為了他和主張保皇的梁啟超鬥争，和xx的xxx鬥争。……真是所向披靡，令人神往！”
在日本的中國留學生，仰慕章太炎大名，因而請求追随他學習國學。
應廣大留學生的要求，章氏決定創辦國學講習所，免費向留學生講授國學。學員中以黃侃、錢玄同、朱希祖、馬裕藻、魯迅、周作人、沈兼士、沈尹默等最為著名。
章氏講學的目的，不僅是為了弘揚國學，更是為了民族複興。