雖然與本師鬧翻，但章太炎内心仍對俞樾十分推崇。
俞樾86歲去世，章太炎悲恸萬分，于1908年寫成《俞先生傳》，對其做了評價：“浙江樸學晚出”，“昌自先生”。
某次遊杭，一到杭州，章太炎便穿起馬褂，同時要求學生也如此穿戴，來到俞曲園故居憑吊老師。到春在堂時，點起三支香火，行三跪九叩之禮。
這都是後話了，推崇歸推崇，“吾愛吾師，吾更愛真理”。
這年，針對梁啟超的《積弱溯源論》，章太炎發表了《正仇滿論》。這是“對資産階級改良派政治主張批駁的，可視為中國近代史上革命與改良論争最早的一篇曆史文獻”。
文章一經發表，舉國嘩然。
章太炎立即遭到恩銘的通緝，無奈再次東渡，暫居橫濱《新民叢報》社。
1902年3月，逢明朝崇祯皇帝殉國忌日，在日國人發起了“支那亡國二百四十二年紀念會”，孫中山、梁啟超均簽名支持。
但因清廷的幹預，孫中山及留學生數百人未能按時參加，後來改在橫濱補辦儀式。
席間，孫中山提議與會者各敬章太炎一杯酒，總共敬了七十多杯。
章太炎回國後，于1903年3月任教上海愛國學社，結識了鄒容、章士钊等人士。
5月，鄒容寫成《革命軍》，章太炎稱為“義師先聲”，并為之撰序，發表于《蘇報》。
同這篇序文一起發表的，是《駁康有為論革命書》。在文中，他毫無忌憚地寫道：“載湉小醜，不辨菽麥。”
直呼當今聖上名諱，且斥其無能，這在當時不啻石破天驚之論，按照刑律，當屬殺頭之罪。
時人評論：“尤以太炎《與康有為書》中‘載湉小醜，不辨菽麥’兩語為奇警，論者謂不啻向五千年帝王曆史中，猛投以爆彈也。”
清政府勾結帝國主義，連夜捉拿章太炎等“反天逆子”“反清匪人”。衆人倉皇，唯有章太炎執意不逃，說：“革命流血起，流血從我起。”他坐鎮愛國學社，面不改色地被抓捕。
在獄中，章太炎給在逃的鄒容寫了一封信，大義凜然：“吾已被清廷查拿七次，今太炎一人擔此責任，毅然主動入獄。
結果，章太炎被判三年，鄒容被判二年。
在獄中，兩人受盡獄卒的百般折磨。為了鼓舞年輕的鄒容，章太炎特地送他一首詩：
鄒容吾小弟，被發下洲。
快剪刀除辮，幹牛肉作糇。
英雄一入獄，天地亦悲秋。
臨命須摻手，乾坤隻兩頭。
鄒容閱後，回贈一首，以示感激。
但是一年以後，體弱的鄒容瘐死獄中。