革命流血起，流血從我起
1898年，戊戌變法在政變中宣告破滅。
章太炎因曾與梁啟超等康門弟子有過交往被通緝，逃往日本占領下的“台灣”。
梁啟超逃往日本，“主辦《清議報》于橫濱，與孫總理過從頗密，漸醉心民族真理”。
在日期間，梁啟超主動與章太炎通信，冰釋前嫌，并邀請赴日，“謂将介見孫某同計議國是”。
章太炎得信大喜，即刻應邀于1899年6月東渡扶桑。
章太炎住在《清議報》館，在梁啟超的介紹下與孫中山有了接觸，并被孫中山“當今中國不流血就不能推翻滿清王朝”的議論深深打動，稱其“卓識”。
此時的梁啟超也一度萌發革命思想，但很快便在老師康有為的威吓下，回到了“保皇”“立憲”的老路上。
在這兩個月裡，章太炎深感維新派的思想僵化而落後于時代，逐漸偏向于革命，深信沒有武力，救國隻是一句空話。
雖然章太炎的思想有了轉變，但還沒有形成一個獨立的體系，無法與康有為的“今文經學”和“托古改制”思想體系相抗衡，甚至在某種程度上還沒有擺脫康有為思想的影響。這在他的1900年出版的《訄書》初刻本中有清晰的體現。
《訄書》以《尊荀》始，以《獨聖》終。雖然擡出荀子來與今文經學家的尊孔相抗衡，但并不反孔。
為緩和維新與排滿之間的矛盾，章太炎還設計了“客帝”與“分鎮”兩個方案。
在《客帝論》中，主張虛尊孔子為“共主”，滿洲皇帝則退居為“客帝”，掌握實權，推行變法；《分鎮》主張在中央權力得到根本改善之前，加強各地方自治自衛能力，與列強抗争。
但事實很快就讓章太炎的這種理想變成了泡影。
1900年，八國聯軍侵華，義和團起義。東南各督撫——廣州李鴻章、武漢張之洞、濟南袁世凱……皆拒絕接受朝廷的“亂命”，而與列強實行“東南互保”。
八國聯軍進京後，慈禧帶着光緒匆忙奔逃西安。清政府的無能，使章太炎不得不承認，“客帝”純屬紙上談兵。
《辛醜條約》簽訂後，清廷仍舊存續，各督撫無意與之決裂，使章太炎認識到“分鎮”的荒唐。
7月26日，唐才常在保皇會的資助下，祭起“勤王”大旗，以“保國保種”相号召，八十多位上海名流聚集上海豫園召開了“中國議會”成立大會。章太炎也在其中。
面對“中國議會”宗旨的自相矛盾，章太炎毫不留情地予以揭露：“一面排滿，一面勤王，既不承認清朝政府，又稱擁護光緒皇帝，實屬大相矛盾，決無成事之理。”
為了顯示投身革命的決心，章太炎毅然剪去長辮，脫去“戎狄之服”，換上“歐羅巴衣笠”，直言脫社，揚長而去。
1901年，章太炎前往蘇州東吳大學任教，宣揚民族民主革命，引起江蘇巡撫恩銘的警戒。
這一年，俞樾住于蘇州曲園，章太炎前往拜見恩師。
俞樾因不滿于章太炎從事反清革命活動，罵其“不孝不忠，非人類也，小子鳴鼓而攻之，可也”，并表示“曲園（俞樾，自号曲園居士）無是弟子，逐之門牆之外，永絕師生關系”。
章太炎退出曲園後，寫《謝本師》一文，以示從此斷絕師生情誼。
雖然與本師鬧翻，但章太炎内心仍對俞樾十分推崇。