1939年，牛津大學正式聘請陳寅恪任漢學教授，并授予英國皇家學會研究員職稱。這是該校建校700年來第一次聘請中國學者擔任教授。
陳寅恪出于多方面考慮，接受了牛津大學的聘請。但因“二戰”時局影響，兩次都沒能成功前往，最終滞留在香港，為生計而任香港大學客座教授。牛津大學誠心虛席以待。
1941年底，太平洋戰争爆發，日軍随即占領香港。社會混亂，學校停課，物資匮乏，香港俨然成了一座孤島。陳寅恪失去經濟來源，一家又陷入困頓的境地。唐筼隻得不顧身體病弱，費盡心思為全家人找尋口糧。
由于陳寅恪當之無愧的“國寶”頭銜，日本學者曾寫信給軍部：不可為難陳寅恪。軍部電令香港司令，務必照顧好陳家。因此日軍十分禮遇之，并在物資極度匮乏的情況下，派憲兵隊送去許多袋面粉，但陳寅恪拒不接受。于是就出現了這樣的情景：憲兵隊一邊努力往屋裡搬面粉，陳寅恪夫婦一邊拼命往外拖。
“劫灰滿眼看愁絕，坐守寒灰更可哀。”1942年5月，在中央研究院院長朱家骅的幫助下，陳寅恪一家攜帶着簡單的行李逃離了香港這個是非之地，暫居桂林，任教于廣西大學。後輾轉至燕京大學。
1945年春天一個寒冷的早晨，陳寅恪突然陷入一片漆黑——他唯一可以依靠的左眼失去了光明。他忙派人去通知學生今天無法上課，并趕往醫院，但終沒能妙手回春。
56歲生日那天，陳寅恪連作三首七言絕句。從這三首詩中可以想見其情緒之低沉。
其一
鬼鄉人世兩傷情，萬古書蟲有歎聲。
淚眼已枯心已碎，莫将文字誤他生。
其二
去年病目實已死，雖号為人與鬼同。
可笑家人作生日，宛如設祭奠亡翁。
其三
女癡妻病自堪憐，況更流離曆歲年。
願得時清目複朗，扶攜同泛峽江船。
“二戰”勝利後，“眼暗猶思得複明”的陳寅恪應英國皇家學會及牛津大學之邀，“強扶衰病試飛行”，去往倫敦治療眼疾。但因為錯過了治療的最佳時機，又曾在國内做過一次不成功的手術，以緻數月奔波、輾轉英國，依然“求醫未獲三年艾”，甚至被下了雙目失明已成定局的診斷書。由此，心灰意冷的陳寅恪不得不辭去牛津的聘約。
1946年秋天，清華大學在北平複校。陳寅恪于10月回到了清華園，物是人非，“隔世重來淚不收”。