且認他鄉作故鄉
1937年7月，盧溝橋事變引爆了抗日戰争。下旬，日軍發動對華北的全面進攻，天津、北平相繼淪陷。
當日軍進入北平後，此時已85歲高齡的陳三立，這位在上海“一·二八”十九路軍抗戰時，夢裡狂呼“殺日本人”的老人義憤絕食，于5天後溘然長逝。臨終之時，他問的最後一個問題是：“外傳我軍在馬廠得勝，不知确否？”
為父親守靈的那些晚上，陳寅恪久久地斜卧在走廊的藤躺椅上，一言不發。從父親的絕食中，他承受的是悲壯無言的痛苦，及至八年之後抗戰勝利之時，他才表露了心迹：“國仇已雪南遷恥，家祭難忘北定時。念往憂來無限感，喜心題句又成悲。”
此時的陳寅恪由于高度近視，又因父親的死悲恸過度，導緻右眼視網膜嚴重剝離，幾近失明。醫生診斷須立即手術，但手術後需要相當長的一段時間休養。陳寅恪為了盡早離開淪陷區，不得不放棄手術，也從此放棄了複明的希望。此後，陳寅恪長期依賴左眼。
在料理完父親喪事、守孝滿“七七”後，陳寅恪攜帶家眷，踏上了南渡的流亡之路。
為保存中華教育精華免遭毀滅，華北及沿海多所高校紛紛内遷。其中，北京大學、清華大學、南開大學南遷湖南長沙，組成長沙臨時大學。不久之後，改稱國立西南聯合大學。西遷雲南蒙自，再遷昆明。
“我昔來時落水荒”，陳寅恪于1938年春天到蒙自，授課數月，便于秋天随校轉往昆明，“我今去時秋草長”。
此次南渡的逃亡曆程，身體的勞累尚在其次。對陳寅恪身心打擊最大的莫過于發生在路上的幾次丢書事件。
在離開北平之前，陳寅恪把他的藏書寄往将要去的長沙，但由于交通不便且戰事不斷，當他趕到長沙時，這批藏書還沒有到達。而清華大學的臨時校址又西遷雲南，他迫不得已匆忙随去。于是，姗姗來遲的藏書隻能暫存于親戚家中，最終灰飛煙滅在逼近長沙的戰火之中。
另外，陳寅恪将突發心髒病、身體虛弱的夫人唐筼安頓在香港後，獨自前往蒙自，卻在途經越南海防時遭竊，随身攜帶的兩箱極其珍貴的書籍落入賊手。
丢書之所以痛心，多為珍籍秘本尚在其次，更重要的是藏書上密密麻麻地寫滿了他的蠅頭小楷。
原來，陳寅恪做學問的方式不是寫卡片，而是在書上随讀随記，也就是古人所說的“眉批”。眉批上寫滿了他的思考、見解和引證，這是他學術研究的基礎、也可以說是他研究工作的“半成品”。
這樣的損失不僅對于他而言是損失，對于曆史、後人更是損失。藏書的毀損，造成他日後原本可以完成的書目如《世說新語箋證》《高僧傳箋證》等沒有實現，于己于人，推而廣之于學術的傳承，這種不可料的損失令人扼腕。
逃亡以來，手稿、藏書遺散太多，再加上旅途勞頓，又為夫人的身體憂慮，陳寅恪初到蒙自便染上了瘧疾，精神幾近崩潰。在動蕩混亂的時局裡，獨自一人謀生在戰火連綿的他鄉，心底不免生出無限凄涼的感慨——“南渡自應思往事，北歸端恐待來生”，“家亡國破此身留，客館春寒卻似秋”。
在幾乎沒有參考書的情況下，陳寅恪依靠記憶，撰寫了兩部藏之名山、傳之後世的中古史名著——《隋唐制度淵源略論稿》（1939年）和《唐代政治史述論稿》（1941年）。
陳寅恪寫這兩部書時多以論帶史，而不隻是作為一個考據學家。在中古研究中，他注意到的若幹解釋中古中國的架構和因素，至今仍是很多研究者繞不開的課題。如對文化種族和家族的關注等。
說陳寅恪是一個了不起的學者，不是因為他在某一領域裡奉獻了什麼成果，而是因為他開創了一個研究的範式。
後來，在國際漢學界具有廣泛影響的《劍橋中國史》，對陳寅恪做出了如此評價：“解釋這一時期政治和制度史的第二個大貢獻是偉大的中國史學家陳寅恪做出的。他提出的關于唐代政治和制度的觀點，遠比以往發表的任何觀點紮實、嚴謹和令人信服。”
1939年，牛津大學正式聘請陳寅恪任漢學教授，并授予英國皇家學會研究員職稱。這是該校建校700年來第一次聘請中國學者擔任教授。