這年8月，陳寶箴調任湖南巡撫，緊鑼密鼓地着手于一系列轟轟烈烈的新政改革。
甲午戰争後，譚嗣同受到極大的刺激，痛感國家民族的危亡日迫，“非守文因舊所能挽回者”，決然抛棄舊學，探求新學，投身變法活動。
1896年6月，譚嗣同被授江蘇候補知府缺。從這時起，他開始接觸佛學，以流傳經典為己任，得以遍窺三藏。
在中國曆史上，有兩個人被譽為“佛學彗星”。
一個是東晉時期鸠摩羅什的弟子僧肇，他隻活了30歲，卻留下了一部佛學經典——《肇論》，奠定了其在佛教史上不可撼動的地位；另一位是晚清的譚嗣同，他活了34歲，卻賦予了佛學現代精神。如果說僧肇是“理論佛學”，那麼譚嗣同開拓的則是“應用佛學”領域。
他将佛法精神貫注于現實社會，使大乘佛教走出深深鎖居的圍牆，重現其剛健雄猛的精神。
佛學的研究也為譚嗣同8月份開始撰寫的《仁學》架構了框架，使其初看雜亂形散，細品神凝、文脈相通，而這文脈，正是佛法。
此外，這一年，譚嗣同還編訂了舊學四種：寥天一閣文、莽蒼蒼齋詩、石菊影廬筆識、遠遺堂集外文。
1897年10月，在陳寶箴的一再催促之下，譚嗣同返回湖南，佐理新政。
在巡撫陳寶箴、按察使黃遵憲、學政江标等的支持下，譚嗣同與唐才常、熊希齡等人倡辦時務學堂，興辦南學會，創刊《湘報》《湘學報》，又倡導開礦山、修鐵路，宣傳變法維新，推行新政，使湖南成為全國最富朝氣的一省。
“攪湖海英雄，力維時局；勖沅湘子弟，共贊中興。”作為校長的譚嗣同為時務學堂撰寫此聯，勉勵學生。同時，他還将《明夷待訪錄》《鐵函心史》《揚州十日記》等含有民族主義意識的書本添加按語後，發給學生作為課本，向他們灌輸革命意識，使時務學堂真正成為培養維新志士的機構。
南學會以聯合南方各省維新力量，講求愛國之理和救亡之法為宗旨，“演說萬國大勢及政學原理”，譚嗣同任會長。為加強宣傳，又創刊機關報《湘報》。
唐才常主筆的《湘學報》，則一度與上海《時務報》、澳門《知新報》，成“三足鼎立”之勢。
由于對湖南新政的盡心竭力，譚嗣同被冠以“新政人才”而聞名遐迩，又與陳三立、戶部侍郎徐緻靖之子徐仁鑄、世家子弟陶菊存等被冠以“維新四公子”之稱。
這一年夏秋間，譚嗣同完成了他最重要的著作——《融貫佛學》、《儒學》、《西學知識》以及康有為學說的《仁學》。這是維新派的第一部哲學著作。這本書的内容大緻可分兩個方面：一是譚嗣同所設計的救世方案；二是對于封建專制的無情抨擊，即所謂的“沖決網羅”。在救世方案中，他認為物質性的“以太”是世界萬物存在的基礎。他把“以太”的精神表現規定為“仁”，而“仁”的内容是“通”，“通之象為平等”，“仁——通——平等”是萬物的發展法則，是不可抗拒的規律。
至于“沖決網羅”，則是代表了當時屬于先進力量的民族資産階級的權利向壓迫它、束縛它的封建專制主義進行宣戰。——“二千年來之政，秦政也，皆大盜也；二千年來之學，荀學也，皆鄉願也；惟大盜利用鄉願，惟鄉願工媚大盜。”也就是說，兩千年來，無非上面是強盜，下面是奴才；上面是霸道，下面是苟且；上面是披着儒家外衣的狼，下面是披着儒家外衣的犬；上面指鹿為馬，下面難得糊塗；上面黑，下面厚。
此一言，言兩千年來所未敢言。由此，極大地沖擊了清末的思想界。