就連自視甚高的劉文典後來也承認，西南聯大文學院真正的教授隻有“兩個半”，陳寅恪是其中的一個，他自己隻能算半個。他甚至公開說：“陳寅恪才是真正的教授，他該拿四百塊錢，我該拿四十塊錢……”
從此，陳寅恪被稱為清華園中的“活字典”，又被稱為“教授的教授”。與此同時，陳寅恪是“中國最博學的人”的說法也廣泛流傳開來。
看似安甯的清華園終沒能成為一個世外桃源，暗流的洶湧打破了表面的平靜。陳寅恪在度過兩年最平靜的生活後，終于被卷入外部世界的風起雲湧中。
1927年春節剛過，國學研究院内平靜的學術氛圍便被北伐軍北上的轟隆槍炮聲打破。
1927年6月2日，“感于事變”的帝師王國維舉身自沉，結束了自己的一生。
噩耗震驚海内外，一時之間衆說紛纭，紛紛揣測原因。
陳寅恪不得不撰文撥雲驅霧，廓清“流俗恩怨榮辱委瑣龌龊之說”。在遺體告别儀式上，陳寅恪出人意料地行了三跪九叩大禮，并賦長篇挽詞以寄哀思：“漢家之厄今十世，不見中興傷老至。一死從容殉大倫，千秋怅望悲遺志。……風義平生師友間，招魂哀憤滿人寰。他年清史求忠迹，一吊前朝萬壽山。”
在王國維辭世二周年之際，陳寅恪為其撰寫碑文，從該事件中提煉出的“獨立之精神，自由之思想”成為他及所有知識分子共同追求的學術精神與價值取向。
6月7日，梁啟超因腎病加劇，不得不長期靜養，随後辭去一切職務。但終究是在劫難逃，于1929年1月19日病逝。任公之殇，山河同悲！
1928年，清華學校改制為清華大學，陳寅恪任中文、曆史系合聘教授。這年暑假陳寅恪回上海省親，與原台灣巡撫唐景嵩之孫女唐筼完婚。
婚後不到一個月，便因開學在即而匆匆回京。
此時的清華國學研究院，實際上隻有陳寅恪在勉力支撐着。
靜安、任公相繼而殁，趙元任因課少而長期在外考察方言，李濟也在外主持田野考古工作。四大導師風流雲散，國學研究院舉步維艱。
陳寅恪原本打算增聘章太炎、羅振玉和陳垣為導師，但章太炎不願屈人之後，羅振玉推辭，陳垣則自謙難以勝任。
陳寅恪隻得以一己弱軀事無巨細地勉力承擔着，雖殚精竭慮，卻也回天乏力。
終于，1929年11月，名噪一時的清華國學研究院奏響了廣陵散曲。這個走出語言學家王力、敦煌學家姜亮夫、曆史學家謝國桢、考古學家徐中舒、文獻學家蔣天樞等諸多大家的人才搖籃至此畫上了句号。
1981年，年近九十的趙元任清華訪舊，徘徊故徑，流連故居，一時百感交集。
他以吳語長吟一阕老歌，即60年前親自譜曲、著名詩人劉半農填詞的《教我如何不想她》，一吐前塵隔海的感懷：
“天上飄着些微雲，地上吹着些微風。啊！微風吹動了我的頭發，教我如何不想她？……”
清華國學院停辦後，陳寅恪任清華大學曆史、中文、哲學三系合聘教授，兼中央研究院理事、曆史語言研究所一經發表，這場風波即告平息，可見其名望頗能服衆。
當時的華北學術界分成兩派：一派是本國培養的學者；另一派是有留學經曆的學者。
本土派認為，留洋派不懂國情，學問再高，也是隔靴搔癢，解決不了中國問題；留洋派認為，本土派太過迂腐，眼光太狹，不懂掌握現代化的工具。因而兩派互相瞧不起。
但是，不管是哪一派，誰都不敢瞧不起陳寅恪。這在學術界堪稱傳奇。